中国古代伊斯兰教著作最多的学者是清代的复初巴巴
马复初的著作，多用阿拉伯文写成，因“悯念东人讲习之难，”及我教的“业儒者”及教外人士阅读之不易，所以又由他自己和他的学生马安礼、马开科等人译成汉文，刊科流行于世，这就是汉译本，云南穆斯林把这些汉译本尊称为“汉经”。
搜集“汉经”，很不容易，因为复初的这些汉译本，都成于咸同年间，是为了清朝统治阶级“以回治回”政策的需要和“化烽燧之烟为诗书之气”而大量刊刻的，离现在有一百四十多年的历史。一百四十多年来，人间沧桑，被保留下来的木刻原本已经不多了，再加上十年文革“横扫四旧”的焚书“壮举”，被保留下来的更是凤毛麟角，且常被它们的主人遗忘在归书堆里，我经过多年的努力，得各地穆斯林的帮助，才得到不多的几本，虽感遗憾，却也是憾中之幸。
有学者整理的复初遗著，有以下几部：（1）《四典要会》（2）《大化总归》（3）《醒世箴》（4）《朝觐途记》（5）《明德经》（6）《据理质证》。
其中，《明德经》是由马安理先生把复初所著的《真德弥维》和《礼法启爱》二书翻译成汉文后，联成一帙而成，并提名曰：《明德经》。马安礼先生在《明德经》的序言中写到：“礼应译为汉文，名曰《明德经》，使吾教之人，讲尔习之，明其真德，其亦修道还真之一助云你。”
《四典要会》是马复初先生的代表著作，前面已经谈到，它是经马安礼先生润笔而成的，语言流畅，文词优美，韵脚整齐，是他所著的“汉经”中最为杰出的一部。全书有四个能独立成书的部分组成，第一部分是《信源六箴》，第二部分是，《礼功精义》，第三部分是《幽明释义》，第四部分是《正异考述》。上述四个部分，每一部分都有别人为他撰写的序言，说明写作在不同时期，全书的汇集完成是在咸丰已末年，公元1859年，离现在有143年。
《四典要会》的第三部分是《幽明释义》，共分十七章，内容是阐述今生后世之理。书中指出：今生为“幽”，后世为“明”。明“幽明”之理，即明“物之起灭。人之始归。”
《大化总归》是由马复初先生口授，经他的学生马开科“删定成章”，“分绪整理”而成，虽然文字没有《四典要会》优美，但仍不失为复初的代表著作之一，它的内容是继《幽明释义》之后，继续阐述今生和后世的至理。
马复初根据他“朝觐”时从天方带回的《甫苏思》一经的理论，把今生和后世的至理，在《幽明释义》的基础上，又向前推进了一步。根据《大化总归》的阐述，今生是由真主化育而得，不仅是人，世间有生命和没有生命的一切，包括日月星辰和茫茫虚幻的太空，都是由真主化育而成，故曰：“大化”。和化育相反，世间的一切，在“复生”之日，都必须回归到真主御前，所谓“归根复命”是也。有“化”必有“归”，有“大化”必有“总归”，故曰“大化总归”。
《大化总归》的理论认为：人是由身和性两部分组成的，身既肉体，性既灵魂。在今生，性随身，因身浑浊而短暂，在后世，身随性，因性清轻而长久，所以今生是短暂的，后世是长久的永存的。人在今生如旅客住店,不管你住的店是高级的还是一般的，哪怕你住的是高级旅店、星级宾馆，有美酒佳肴,有桑那,有卡拉OK，时间一到，你都必须离开回家，在旅店所享受的一切，有如过眼云烟，一晃而散。在“复生”之日，真主必然对人在今生所作所为的一切，定善分恶，善者恩赏，恶者重罚。受恩赏者，进天堂，享受天堂无穷无尽的美妙；受重罚者，下地狱，受地狱无穷无尽的惩罚。所以，今生和后世相比，后世是至为重要的,复初在《大化总归》中写到：“后世者，虽斯人原始要终之道，实真宰之赏罚完于斯,理至大也，义至精也，其词非千言万语所能阐发也。”
正因为后世如此至大，后世的赏罚如此分明，如此的公正不偏。而后世的赏罚，则由人在今生所行的善恶来决定。所以，人在今生就应该多行善少作恶，乃至不做恶，这就是《醒世箴》一书的中心思想。《醒世箴》，全文两万多字，一气呵成，文章从伊斯兰教的基本理论出发，从各个方面，用各种比喻，劝人谈今生、重后世，劝人在今生，多行善、不做恶，并在今生完成真主交给穆民的念、礼、斋、课、朝等各种功课，以便在复生之日在真主面前交一份圆满的答卷，在后世享受永久的天堂的荣华，不受永堕地狱的苦难。
《朝觐途记》上马复初对他八年朝觐的艰苦旅程的记述，原书是用阿拉伯语写成，经他的学生马安礼译成汉文后，刊刻流行与世。
在清末，在交通极不方便的那个时代，这本书的记载，对中国人了解西亚，对中国穆斯林了解阿拉伯半岛众多的伊斯兰教国家和人民，对有志朝觐的中国穆斯林，无疑是一本具有资料性质的游记。在当代，朝觐的路途，无须通过很长时间的艰苦行程，可以通过现代化的交通工具，来去往返，但这本书所记载的天方各国的地理环境，人文景观和礼乐制度，风土人情等，仍使它有相当的历史价值，不失为一本具有参考价值的伊斯兰教古籍。
《明德经》是由《真德弥维》和《礼法启爱》两个单行本组成的。
《真德弥维》较短，全书约二千多字，其内容是讲穆斯林首先要信主信圣，信天仙，信后世，信前定，信天经，和确信圣人受于真主之礼法。文章认为：这就是“明德”，是“真德之本”。而真“德则”则是穆民“心中之光”，“心中之种”，是穆民不可动摇的根本。笔者体会：所谓真德，就是广大穆民平时所讲的“伊玛尼”。
《礼法启爱》是讲伊斯兰教的各种礼法，这里的礼法，不是礼拜之法，乃伊斯兰教的各种典籍中所规定的礼乐制度，包括礼拜、朝觐、殡礼、婚配、出妻、立誓等内容。文章认为，伊斯兰教之礼法，“实教道之权衡，若稍有损益，既流弊百世，赫赫天法，不可逭也”。文中接着指出：“凡我同人，当以礼法为先务，礼法不明，则修身无术。”所以，礼法是穆民应该遵守的大法大戒。
《据理质证》是一本和天主教进行宗教学术辩论的书籍，文章较短，全书四千多字，虽是辩论，却也借此阐述伊斯兰教信主信圣的基本观点。
上述六部复初遗著，经学者整理后，联为一帙，并取名曰：《马复初遗著选》。